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衛生部財政部下發《關于加強新型農村合作醫療管理工作的通知》（衛農衛發〔200〕40號），針對農村合作醫療工作中存在的問題，提出加強新型農村合作醫療管理工作的六點要求。摘要如下：

一﹑加大宣傳力度,引導農民自愿參加新型農村合作醫療。任何地方﹑部門﹑單位不得強迫農民參加新型農村合作醫療,不得強制收取農民參合資金,不得強迫任何機構﹑個人墊資代繳參合資金,堅決杜絕虛報參合人數等弄虛作假得行為。征繳機構在向農民收取新型農村合作醫療資金時,必須向農民開具由省級財稅部門統一印制的專用票據,及時﹑足額將資金納入合作醫療基金專戶。同時,認真做好參合農民登記﹑注冊與換發證工作,并加強對參合農民基礎資料的管理.

二﹑落實財政補助政策,按時足額撥付補助資金。地方各級財政部門要在年度預算中足額安排落實應由本級財政負擔的新型農村合作醫療補助資金,并保證按規定及時撥付到位。要確保農民個人繳費資金﹑各級財政補助資金和其他資金及時足額納入新型農村合作醫療基金專戶,嚴禁滯留上級財政補助資金,更不得搞虛假配套資金。地方財政部門要按規定將經辦機構人員經費和工作經費列入財政預算,保證經辦機構開展業務所必需的經費,嚴禁從合作醫療基金中提取。

三﹑進一步加強新型農村合作醫療基金管理,確?；鸢踩Ｒ獓栏窕鹬С龉芾?合作醫療基金只能用于規定的農民醫療費用補償,并做到封閉運行,專款專用。任何地區﹑部門﹑單位和個人不得以任何借口擠占﹑挪用﹑冒領基金。

四﹑調整補償方案,控制醫藥費用不合理增長,確保參合農民受益。各地要結合財政補助標準的提高,根據籌資總額和當地醫療費支出水平等因素,按照以收定支﹑收支平衡的原則合理調整合作醫療補償方案,既要防范基金風險,又要兼顧農民受益程度。要按照《衛生部辦公廳關于加強新型農村合作醫療定點醫療機構醫藥費用管理的若干意見》要求,加強對定點醫療機構的監管,有效控制醫藥費用的不合理增長。同時,推行藥品集中采購或跟標采購,保證藥品質量,降低藥品價格,確保農民受益。

五﹑加強監督與檢查,建立健全監督體系。逐步形成以農村合作醫療監督委員會監管為主,內部監督﹑財政監督﹑審計監督以及社會監督有機配合的新型農村合作醫療監管體系。

六﹑注重檢查指導,及時整改。各省(區﹑市)有關部門要在試點工作中,加強檢查和督導,逐步健全新型農村合作醫療監測、信訪舉報、監督檢查、案件查處等監督管理制度。對違反新型農村合作醫療政策,尤其是強迫農民參合,虛報參合人數,擠占挪用冒領基金的行為要及時糾正,嚴肅查處,決不姑息。