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農村信用社與農業銀行脫鉤以后，作為合作的金融組織，逐漸確立了在農村金融體系中的主導地位，并在支持農村經濟發展中發揮重要作用。但在其發展中也積累了一些問題，潛在的風險日益暴露。

一、存在的問題

1、農村信用社規模小，力量薄弱。目前，作為農村金融主力的農村信用社只能滿足農村資金需求的20%，農村大部分借貸都是在內部解決的，廣大鄉鎮企業和農民貸款難的問題長期得不到解決。

2、農村信用社運行效率低。農村信用社并未形成真正的商場利率，低效、無效融資較多，儲蓄—投資的轉化過程不暢。

3、適應性差。表現為農村信用社不能提供多樣化的金融產品和業務；貸款投向在產業結構和所有制結構方面，已經不適應發展農村經濟的需要；貸款期限、利率、方式缺乏靈活性。

4、經營狀況差。農村信用社普遍存在著嚴重虧損、較大的不良貸款、資不抵債等問題。據有關調查表明，農村信用社良貸款占貸款余額的37%，50%以上農村信用社存在資不抵債。

二、存在問題的原因

農村信用社上述問題的存在主要有兩個方面的原因：

1、產權不清晰是農村信用社陷入困境的最重要原因。表面上看，農村信用社是獨立的法人，其資金來自社員的股金，有理事會和監事會，產權關系是明晰的。然而管理體制的變化、政府的行政干預、經營者及法人代表的不斷變更，最終使國家成為產權的控制者，農民社員只有名義上的、模糊的產權歸屬關系。這種模糊的產權歸屬關系引發了“三會”制度徒有虛名、法人治理結構殘缺不全、“一人說了算”、內部人控制等一系列問題。

2、職能定位模糊是造成農村信用社存在嚴重問題的另一個不可忽視的原因。農村信用社本是由農民出資組建，專為“三農”服務的合作金融組織，但近年來農村信用社逐漸表現出“離農”的傾向。追求經營規模，許多農村信用社不惜高息攬存，致使成本過高。同時，又把大量的資金投放于城市及工業等非農產業，并由此形成了大量的不良貸款，嚴重惡化了其自身發展基礎。

三、發展方向

農村信用社的改革關鍵在于重新定位與調整其金融職能，徹底解決產權不清問題，確立新的發展方向。

1、要堅持為“三農”服務的基本方向，以立足農村、支持農村經濟發展用為其基本功能。國家可以運用一定的財政金融手段扶持農村信用社真正走向市場。如，剝離農村信用社脫鉤前開成的不良貸款、給予農村信用社適當的稅收優惠等措施。

2、農村信用社產權改革模式應多樣化。產權改革要因地制宜、靈活多樣：經濟發達、城鄉一體化程度較高的地區，可將農村信用社改建為縣市農村商業銀行，實行股份制與股份合作制相結合的辦法；在信用社資產規模較大、管理基礎較好的地方，可實行全縣農村信用社統一法人，擴大存貨規模，增強抗風險能力；允許城市商業銀行、股份制銀行甚至外資銀行收購農村信用社。